Dal 27 marzo 2018, Alitalia torna a gestire direttamente le attività commerciali di vendita, distribuzione, revenue management e di supervisione operativa relative al trasporto delle merci su tutti i voli del proprio network, che prima aveva delegato a Etihad Global Cargo Management Company, a causa della cessazione dell'accordo commerciale con la compagnia emeratina.
In una nota, la società italiana spiega che "l'obiettivo di questa scelta è quello rilanciare il brand Alitalia Cargo, in Italia e nel mondo, e di valorizzare un settore in crescita, offrendo alle aziende italiane – molte delle quali, a cominciare dalle PMI, hanno nell'export un importante fattore di sviluppo – un unico referente per le esigenze di trasporto merci e di mobilità dei propri dipendenti".
Alitalia Cargo non ha propria flotta di aerei freighter, ma usa la stiva degli aerei passeggeri che operano sulle rotte internazionali e sulla maggior parte di quelle nazionali, usando anche l'autotrasporto. La compagnia può anche organizzare voli charter su richiesta. In tutti i casi, il suo hub merci a nell'aeroporto di Roma Fiumicino.